陕西汉中朱鹮国家级自然保护区管理局行政管理归属于陕西省林业局。保护区主要职能：贯彻执行国家和陕西省有关自然保护区的法律、法规和政策；开展保护区朱鹮及其栖息地保护、调查、监测、科研工作；开展人工种群的饲养繁育和病伤个体的救护工作；承担自然保护区宣传教育工作；推进社区可持续发展工作。

下设综合办公室、保护科、科研科、宣传教育科、稽查科、朱鹮生态园6个职能部门。设置花园、龙亭、汉台、华阳4个保护站。